Die Abteilung im Neuen Museum zeigte Porträt- und Landschaftsmalerei des späten 18. Jahrhunderts und den größten Teil der Zeichnungen. Auf vier Säle verteilt konnte man die Entwicklung der deutschen Kunst im 19. Jahrhundert anhand der Zeichnungen und weiteren Gemälden, die in der Nationalgalerie keinen Platz mehr fanden, nachvollziehen. Insgesamt kamen etwa 1200 Zeichnungen und und mindestens 147 Gemälde zur Ausstellung. Da der Katalog der Zeichnungen nicht wie der Katalog der Gemälde den Raum für die einzelnen Werke angibt, kann der Standort der Zeichnungen nur sehr rudimentär nachvollzogen werden. Wieder kann man nur auf den Führer von Woldemar von Seidlitz zurückgreifen und aus den dort gemachten Angaben auf einzelne Werke schließen.
Betrachtet man die Gesamtgröße der Räumlichkeiten, so muß zunächst festgestellt werden, daß sich der Raum für die Aufhängung als zu klein für die große Anzahl an ausgestellten Werken erweist. Durch die zahlreichen Fenster im Westlichen Kunstkammersaal war die Hängefläche äußerst begrenzt. Selbst bei mehrfachem Übereinanderhängen hätte der Platz von gerademal 2 Meter in der Breite nicht ausgereicht. Eine erste Möglichkeit der Verbesserung hätte sein können, daß in diesem Saal die Fenster zur Hofseite durch Hängewände verstellt worden wären. Aufgrund der dadurch entstehenden Lichtverhältnisse ist die Möglichkeit des Einziehens von quer zur Außenwand stehenden Hängeflächen, die von den Säulen bis zur Außenwand reichten, viel wahrscheinlicher. Durch quer einfallendes Licht wäre damit eine gute, wenn auch nicht optimale Lösung geschaffen worden. Ebenfalls postiv hätte sich die Rhythmisierung des Raumes in einzelne Abschnitte ausgewirkt, die sich zur Trennung der einzelnen Maler oder Schulen geeignet hätten. Für diese These spricht ebenfalls, daß von Seidlitz in seinem Rundgang durch diesen Saal von Abteilungen spricht, die genau der Anzahl der Kammern entspricht, die durch einen solchen Umbau entstanden wären. Wenn dieser Raum umgestaltet wurde, so läßt sich anhand der Quellenlage aber nicht sagen, ob bezüglich der Stellwände eine ähnliche Dekoration wie in der Nationalgalerie verwendet wurde. Ein Hinweis darauf hat sich bis jetzt nicht gefunden. Ähnliche Probleme ergeben sich auch bei den anderen Räumen. Nachweisen läßt sich, daß man durch Gestelle zusätzlichen Ausstellungsmöglichkeiten schuf, die sich vor allem für kleinformatige Objekte eigneten.
Die örtliche Trennung von Zeichnungen im Neuen Museum und Malerei und Plastik in der Nationalgalerie wurde als ein Mangel seitens der Ausstellungsmacher empfunden, dem man jedoch nicht auf andere Weise begegnen konnte: ,, Im Allgemeinen fällt auf, daß nur in den allerseltensten Ausnahmen neben den Bildern auch die Handzeichnungen für die Gewinnung eines Urteils herangezogen sind ... Hätte der Raum gelangt, der für die Jahrhundertausstellung zur Verfügung stand, so wären die Zeichnungen am besten in der Nähe der Bilder, die sie ergänzen, untergebracht worden.`` Man erreichte diese Räume nachdem man vorbei an den Kaulbach-Fresken, - die als Bestandteil der Ausstellung betrachtet wurden - das große Treppenhaus im Neuen Museum durchschritten und sich oben angelangt durch die linke Tür in den ersten Saal gewandt hatte. Dieser Saal war noch immer für Gemälde reserviert, die in der Nationalgalerie keinen Platz mehr gefunden hatten. Rechts und links sah man hier Werke aus der Zeit von 1775 bis zum frühen 19. Jahrhundert. Darunter war eine große Anzahl Bildnisse von Malern, die in den künstlerischen Zentren Wien, Dresden, Stuttgart oder Kassel gewirkt hatten. Vertreten waren hier Adam Friedrich Oeser, Daniel Chodowiecki, Anton Graff, Johann Friedrich August Tischbein oder Gerhard von Kügelgen. Diese Bildnisse befanden sich vermutlich im vorderen Teil, darunter Oesers ,, Bildnis der Kinder des Künstlers`` aus der Gemäldegalerie Dresden, mindestens drei Werke des Daniel Chodowiecki mit den Titeln ,, Gesellschaft im Tiergarten``, ,, Blindekuhspiel`` und ,, Hahnenschlag``. Anton Graff, der lange Zeit in Dresden tätig war, wurde in diesem Saal mit vier Bildnissen gezeigt. Das ovale Bildnis der ,, Elise von der Recke`` aus dem Jahr 1784 und das Bildnis der ,, Frau Boehme`` konnten betrachtet werden. Aus dem Berliner Schloß sah man Johann Friedrich August Tischbeins ,, Königin Luise``. Von Gerhard von Kügelgen wurden unter anderen Werken ein ,, Brustbild Goethes`` aus Privatbesitz und ein ,, Brustbild Schillers`` aus dem Goethemuseum Frankfurt gezeigt. Diesem kleinen Überblick über die Bildniskunst des späten 18. und frühen 19. Jahrhunderts waren Landschafts- und Architekturmalerei vor allem des Berliner Raumes hinzugefügt. Hier befand sich das einzige gezeigte Gemälde Jakob Phillipp Hackerts ,, Gesellschaft im Tiergarten``. Karl Friedrich Schinkel war als Maler mit mindestens drei Gemälden vertreten, darunter ,, Die Blüte Griechenlands`` aus dem Jahr 1825, das sich nur noch als Kopien des Malers Wilhelm Ahlborn von 1836 in der Galerie der Romantik (Berlin) erhalten hat., und dem sich heute im Besitz der Berliner Nationalgalerie befindlichen ,, Rugard auf Rügen``, einer Landschaft die zu einer Reihe gehört, die Schinkel anläßlich einer Erholungsreise auf Rügen Bei dem auf der Jahrhundertausstellung gezeigten Bild ,, Die Blüte Griechenlands`` handelte es sich um das Original. Den für die Berliner Malerei des frühen 19. Jahrhunderts ebenfalls wichtige Maler Johann Erdmann Hummel zeigte man mit zwei Versionen des Bildes ,, Die Granitschale`` in diesem Raum. Eine eindeutige Platzierung kann man nur einem Bild zuordnen, welches durch von Seidlitz genau lokalisiert wurde: Wenn man die Tür durchschritten hatte und sich umwandte, fand man links neben dem Eingang ein Bild von Ludwig Vogel mit dem Titel ,, Tellenfahrt``.
Man schritt nun durch den kleinen Gang, der sich am rechten hinteren Ende des Saales befand in den sogenannten Majolikasaal, der etwa die halbe Größe des Östlichen Kunstkammersaales hatte und auf der linken Seite drei durch Stellwände abgetrennte Kammern besaß. Diese Kammern wurden nicht für die Jahrhundertausstellung eingebaut. Dieser zweite Saal war ebenfalls fast auschließlich den Gemälden vorbehalten. An der linken Seite hingen zwei Bildnisse Franz Krügers aus dem Jahr 1836, Karl Friedrich Schinkel und den Mitbegründer des Berliner Kunstgewerbemuseums Peter Christian Wilhelm Beuth darstellend. Betrat man den Saal, dann wurde der Blick nach von Seidlitzs Aussage sofort auf ein Bild Angelika Kauffmanns gezogen. Es war das ,, Bildnis einer Dame als Vestalin``, ein in zurückhaltender Farbigkeit gemaltes weibliches Bildnis in antikisierenden Gewändern, in der Hand die Öllampe als Zeichen der Hüterin des ewigen Tempelfeuers. Rechts und links neben diesem Bild sah man unter anderem zwei kleinere Innenraumbilder von Daniel Chodowiecki. Insgesamt war Chodowiecki in diesem Raum mit mindestens sieben Werken vertreten. An den beiden Seitenwänden kamen Pastellbildnisse des späten 18. Jahrhunderts und Gemälde Johann Heinrich Tischbeins zur Geltung.
Mit diesen beiden Sälen war die Ausstellung der Gemälde abgeschlossen. Die Beschreibung dieser Säle durch von Seidlitz, der in diesen Räumen keine Abteilungen voneinander schied, läßt vermuten, daß man diesen Räumen trotz ihrer Größe eher einen der eigentlichen Ausstellung anhängenden Charakter beimaß, während die folgende Präsentation der Zeichnungen ob ihrer anderen Ausdrucksmöglichkeiten als integraler Bestandteil betrachtet wurde. Dies drückt sich auch in der Rezeption durch die Presse aus.
Man verließ den Majolikasaal und trat in den Westlichen Kunstkammersaal ein. Zunächst wandte man sich jedoch nach links, um in den relativ kleinen Sternensaal zu kommen. Hier waren Zeichnungen bis etwa 1825 zu sehen. Dazu gehörten Werke von Daniel Chodowiecki, Wilhelm Schadow, Peter Cornelius, Anton Graff oder Julius Schnorr von Carolsfeld. Noch in der Tür hing eine Vorzeichnung Schnorr von Carolsfelds zu seinem Bild ,, Besuch der Eltern des Johannes bei den Eltern Jesu``, welches unter der Nummer 1570 in der Nationalgalerie hing und sich heute in der Gemäldegalerie Dresden befindet. An der rechten Wand zeigte man Bildnisse Wilhelm Schadows und fünf seiner Karikaturen aus den napoleonischen Kriegen. Weiter hinten folgte Peter Cornelius mit der Zeichnung ,, Sitzendes kleines Mädchen`` und weiteren Studienblättern. An der linken Wand sind vor allem zahlreiche Bildnis-Zeichnungen Anton Graffs zu nennen. Ebenfalls an dieser Wand hing ein Pastell ,, Selbstbildnis`` von Asmus Jakob Carstens. Außerdem sah man fünf Rötelzeichnungen aus dem Jahr 1796, die Vorarbeiten zu seinem Bild ,, Homer singt seine Lieder im Kreise des Volkes`` waren. Alfred Rethel war mit einem Karton für die Aachener Rathausfresken vertreten.
Trat man aus dem Sternensaal heraus, sah man links den farbigen Karton ,, Die Beschützer der Kunst`` von Johann Friedrich Overbeck.Dieser Karton war ursprünglich als Dekoration für das dem Kronprinzen Ludwig von Bayern von den in Rom lebenden Künstlern gewidmete Fest 1818 gedacht. In der nächsten Abteilung sind die Zeichnungen Runges zu nennen. Etwa auf mittlerer Höhe des Raumes kam an der linken Wand eine Abteilung, die fast ausschließlich Caspar David Friedrich gewidmet war. Hier hingen, zumeist aus Privatbesitz, etwa 60 Zeichnungen. Die Schmalwand und der hintere Teil der rechten Wand waren den Arbeiten Anselm Feuerbachs vorbehalten. Ausgestellt waren etwa 40 Blätter. Dabei dürfte schon allein wegen der Größe das Blatt ,, Medea``, eine Skizze in Tempera auf Papier, aufgefallen sein. Der Rest der rechten Wand zeigte Arbeiten von Hans von Marées , Franz von Lenbach, Hans Thoma , Anton von Werner , Adolph von Menzel und anderen aus der Zeit von 1825 bis 1875. Außerdem stellte man noch mindestes sechs Gestelle in den Raum, in welchen weitere Arbeiten ausgelegt waren.
Den abschließenden Teil der Ausstellung im Neuen Museum fand man im Durchgang zu den Räumen im Kupferstichkabinett. Raumbeherrschend dürfte dabei das sechsteilige Panorama von Berlin des Eduard Gärtner gewesen sein. Dazu kamen Bildnisse Karl Friedrich Schinkels , Franz Krügers, sowie Arbeiten von Eduard Schleich oder Ferdinand von Olivier.